Use o utilitário DISKPART de linha de comandos para formatar, particionar, excluir, inicializar discos, ou até para reparar partições ou discos inteiros do Windows.
Um problema que ocorreu comigo algumas vezes com certos discos hdd ou até com pendrives, foi de não conseguir utilizar toda sua capacidade ao formatá-lo no modo normal ou a partição reportar espaço incorreto.
Isso aconteceu algumas vezes comigo, e foram casos variados como por exemplo: não deixar eu utilizar um HDD que foi particionado e formatado no linux para instalar o Windows ou Mac.